شکل نگرفتن بازارهای مالی متناسب با نظامات بین‌المللی حاکم بر بازار پول، سرمایه و بیمه در کنار ریسک‌های سیاسی تحمیلی علیه کشورمان از جمله چالش‌های موجود در راه رسیدن به اهداف مناطق آزاد است.
اصولا مناطق آزاد در ایران با اهداف کلان و راهبردی چون بهبود محیط کسب و کار حاکم بر مناطق از طریق ارتقای شفافیت، پیشگیری و مقابله با فساد و بهبود فرایندها، تلاش برای تقویت رقابت‌پذیری و واگذاری عادلانه و رقابتی فرصت‌ها به عموم و اجرای طرح‌های جامع توسعه مناطق و تدوین و اجرای برنامه‌های عملیاتی آن‌ها در شرق، ‌غرب، شمال و جنوب ایران راه‌اندازی شده و با گذشته چند سال از این اقدام هنوز همه اهداف موردنظر در این مناطق حاصل نشده است.
توسعه مناطق آزاد پس از پیروزی انقلاب اسلامی در ایران با مسائل و مشکلاتی همراه بود؛ یکی از مهم‌ترین چالش‌ها را می‌توان ناهماهنگی میان اهداف و ابزار دانست؛ ابزارهایی مانند معافیت‌های مالیاتی و گمرکی برای رسیدن به اهدافی مانند ایجاد اشتغال، رفاه و توسعه در مناطق آزاد و ویژه اقتصادی کافی نیست.
در حالی که اهداف تعریف‌شده برای این مناطق، ملی هستند، توسعه آن‌ها در ابعاد زیرساختی و سرمایه‌گذاری به بخش خصوصی واگذار شده است؛ بدون توجه به اینکه بخش خصوصی برای سرمایه‌گذاری، تحلیل هزینه و فایده می‌کند و صرف مشوق‌های معافیت مالیاتی و گمرکی برای جذب آن‌ها کافی نیست.
مواردی همچون نبود تعریف مشترک ملی از کارکرد مناطق، محدودیت منابع برای تکمیل و توسعه زیرساخت‌ها، نبود مدیریت یکپارچه در مناطق، پایبند نبودن و اجرایی نشدن کامل تکالیف قانون چگونگی اداره مناطق آزاد را می‌توان در سپهر کارکردی این مناطق به عنوان نمونه‌ای از چالش‌های فعلی یاد کرد.
شکل نگرفتن بازارهای مالی متناسب با نظامات بین‌المللی حاکم بر بازار پول، سرمایه و بیمه در کنار ریسک‌های سیاسی تحمیلی علیه کشورمان از دیگر چالش‌های موجود در راه رسیدن به اهداف مناطق آزاد است.
یقیناً بازتدبیر در اهداف مناطق آزاد و متناسب‌سازی ابزار و اهداف ضرورتی حتمی برای حرکت معنادار این مناطق برای برطرف شدن چالش‌های مزبور می‌باشد.
در حال حاضر اداره سازمان‌های مناطق آزاد به موجب قانون صرفاً برعهده دولت است که به نمایندگی، سازمان منطقه آزاد در قالب شرکت دولتی که سرمایه آن متعلق به دولت است، به شکل درآمد هزینه‌ای اداره مناطق را به عهده دارند. بنابراین شاید برای غلبه بر چالش محدودیت منابع و نبود امکان تأمین مالی دولت، فراهم‌سازی امکان سرمایه‌گذاری بخش غیردولتی برای ایجاد مناطق آزاد تجاری صنعتی، بتواند یک راهکار باشد؛ به نحوی که بخش غیردولتی از صفر تا 100 ایجاد و اداره منطقه آزاد سرمایه‌گذاری کند و البته دولت به عنوان نهاد سیاست‌گذاری و نظارت عهده‌دار وظایف حاکمیتی باشد. البته برای این مهم نیازمند اجازه قانونی توسط مجلس خواهیم بود.
این کار از طریق بخش غیردولتی در دنیا تجربه شده و امروز بخشی از مناطق آزاد و مناطق ویژه توسط بخش غیردولتی اداره می‌شود. به طور مثال تأسیس و اداره منطقه آزاد گوادر پاکستان در زمینی به مساحت بیش از 900 هکتار در کنار بندر گوادر و در نزدیکی منطقه آزاد چابهار در اختیار سرمایه‌گذاران چینی قرار گرفته است.
در مقایسه مناطق آزاد کشورمان با مناطق آزاد سایر کشورها باید شرایط عمومی حاکم بر دو طرف مورد مقایسه را در نظر گرفت و نمی‌توان مناطق آزاد برخوردار از شرایط نابرابر را با هم مقایسه کرد. برخی مناطق آزاد علاوه بر برخورداری کل کشور‌های میزبان آن‌ها از فضای اقتصادی متفاوت و مزیت‌‌دار، از مشوق‌ها و تسهیلات در اختیار سرمایه‌گذاران خارجی و داخلی بیشتری نسبت به مشوق‌های ما برخوردارند که نمونه آن معافیت‌های مالیاتی است.